Kim Jae-joong, tên thật là Han Jae-joon (Hangul: 한재준; Hanja: 韩在俊), sinh ra tại Gongju, Chungcheongnam-do, Hàn Quốc. Ngày sinh thật được mẹ ruột của anh tiết lộ sau này là ngày 4 tháng 2 thay vì ngày 26 tháng 1. Anh được gia đình Kim nhận nuôi từ khi còn nhỏ, vì vậy mà anh đổi thành họ Kim.[1]

Năm 16 tuổi, Jaejoong quyết tâm rời quê hương lên Seoul thực hiện ước mơ làm ca sĩ của mình. Cuộc sống của anh tại Seoul lúc đó cực kỳ khó khăn, chủ nhà luôn đe doạ đuổi ra khỏi nhà nếu không thanh toán tiền trọ. Để có thể kiếm được 150.000 won trả tiền thuê nhà, anh ấy làm đủ thứ việc khác nhau. Trong đó có cả việc đóng vai một anh lính trong một đội quân đông đến 100000 người trong bộ phim bom tấn Taegeukgi Hwinallimyeo (태극기 휘날리며) và phải đi bán kẹo cao su ở ga tàu điện ngầm.[2]

Lúc bán kẹo, vì gương mặt của anh không giống như một đứa trẻ phải lao động từ sớm, khiến một số người lầm tưởng anh là kẻ cắp và đối xử với anh rất tệ. Lang thang suốt ngày mong bán được hết số kẹo, có lần vì tuyệt vọng, anh quyết định vào một siêu thị để bán. Một người phụ nữ làm việc tại đây thương cảm đã mua hết số hàng và khuyên anh không nên tiếp tục công việc này và đã đưa cho anh 150.000 won. Jaejoong cho biết: "Kể từ lúc ấy, tôi đã xác định và cố gắng rất nhiều để trở thành một ca sĩ".

Kim Jaejoong tham gia thử giọng tại SM Entertainment năm 2001 và trở thành thực tập sinh vào cùng năm.[3]